Thuyết nội cộng sinh là một học thuyết tiến hóa đề cập đến nguồn gốc của các tế bào nhân chuẩn từ. Học thuyết này lần đầu tiên được đưa ra bởi nhà thực vật học Nga Konstantin Mereschkowski vào năm 1905 và 1910, và được hỗ trợ bởi bằng chứng vi sinh của Lynn Margulis vào năm 1967. Thuyết này cho rằng một số bào quan phân biệt ở tế bào nhân thực là tiến hóa qua các sinh vật nhân sơ (vi khuẩn và vi sinh vật cổ) nội cộng sinh.Thuyết nội cộng sinh cho rằng ty thể, lạp thể như lục lạp, và có thể một số bào quan khác trong tế bào nhân chuẩn là đại diện tế bào nhân sơ từng sống tự do trước đây và chiếm chỗ trong một tế bào nhờ nội cộng sinh. Cụ thể hơn, ty thể có thể là vi khuẩn hiếu khí cổ đại kiểu như Rickettsiales proteobacteria, còn lục lạp thì là vi khuẩn lam cổ đại có khả năng quang hợp.
Đã có nhiều chứng cứ hỗ trợ cho học thuyết này, ta có thể điểm qua như: ty thể và lạp thể chỉ nhân lên thông qua trực phân, còn tế bào thì không thể tổng hợp mới bào quan này; các protein vận chuyển được gọi là porin được tìm thấy trong màng ngoài của ti thể, lục lạp và màng tế bào vi khuẩn; hợp chất cardiolipin chỉ được tìm thấy ở màng trong ty thể và màng tế bào vi khuẩn; một số ti thể và lạp thể chứa các phân tử DNA dạng vòng, trần tương tự như nhiễm sắc thể của vi khuẩn.