San Juan (phát âm tiếng Tây Ban Nha: [saŋ ˈxwan]), tức San Juan Bautista (tên tiếng Tây Ban Nha có nghĩa là "Thánh Gioan Baotixita") là thủ phủ và đồng thời là thành phố lớn nhất Puerto Rico. Theo Thống kê Dân số Hoa Kỳ, 2000 thì thành phố có 433.733 dân, xếp hạng thứ 42 ở Hoa Kỳ. San Juan do người Tây Ban Nha thành lập năm 1521 dưới tên Ciudad de Puerto Rico. Với lịch sử hơn gần 500 năm, San Juan là thành phố lâu đời thứ nhì ở Tân Thế giới do người Âu châu lập ra, chỉ sau Santo Domingo, Cộng hòa Dominica.[3] Trong số những di tích lịch sử ở San Juan phải kể đến các pháo đài phòng thủ thành phố: San Felipe del Morro, San Cristobal. La Fortaleza là tòa nhà hành pháp lâu đời nhất châu Mỹ mà hiện nay vẫn còn được sử dụng.Ngày nay, San Juan là hải cảng lớn và quan trọng bậc nhất tại Puerto Rico. Đây là một trung tâm công nghiệp, tài chính, văn hóa và du lịch lớn của hòn đảo. Vùng phụ cận của thành phố San Juan còn có các thành phố nhỏ khác và tổng cộng dân số lên đến 2 triệu người, tức khoảng một nửa dân số của Puerto Rico sống trong khu vực đại đô thị San Juan.Ban đầu, thành phố được gọi tên là Puerto Rico còn cả hòn đảo được đặt tên là San Juan. Nhưng cuối cùng, tên hòn đảo và tên thành phố thủ phủ đã được hoán đổi cho nhau.