Chi Thông (danh pháp khoa học: Pinus) được chia thành 3 phân chi chính[ai nói?], với các danh pháp là Strobus (thông trắng hay thông mềm), Ducampopinus (thông Pinyon, thông nón cứng và thông vỏ trắng Trung Hoa), và Pinus (thông điển hình hay thông vàng hoặc thông cứng). Phân loại thành 3 phân chi dựa trên cơ sở các đặc trưng của nón, hạt và lá:Trong nhiều khía cạnh, phân chi Ducampopinus là trung gian giữa (và rất có thể là tổ tiên của) hai phân chi kia. Trong nhiều hệ thống phân loại, nó được ghép vào trong phân chi Strobus, nhưng để biện minh công bằng thì nó cũng có thể đưa vào trong phân chi Pinus (như trong phân loại của nhà thực vật học người Mỹ J. G. Lemmon năm 1888), nhưng nó không phù hợp tốt với cả hai cách xử lý này và tốt nhất nên coi nó như là phân chi độc lập theo đúng nghĩa của từ. Nói chung, hình thái nón, vảy nón và hạt cũng như hình thái chùm lá và vỏ bao chùm lá là nổi bật và điều này dường như tạo ra kết quả trong việc phân đoạn các loài thông là có thể hiểu được và thường là dễ dàng được nhận ra nhờ biểu hiện bề ngoài của chúng. Thông với một bó mạch sợi trên một lá, nghĩa là các phân chi Strobus và Ducampopinus, được biết đến như là thông haploxylon, trong khi thông với hai bó mạch sợi trên mỗi lá, nghĩa là phân chi Pinus, được gọi là thông diploxylon. Các loài thông diploxylon có xu hướng có gỗ cứng hơn và chứa nhiều nhựa hơn thông haploxylon.