Phú Tân nằm trên cù lao Kết khá bằng phẳng có độ cao từ 1 đến 2 mét giống hình con Quy giữa hai con sông lớn, đó là sông Tiền và sông Hậu, là một trong 04 huyện cù lao của tỉnh An Giang thuộc vùng đồng bằng phù sa màu mỡ, với hệ thống sông ngòi chằng chịt. Đất đai ở Phú Tân chủ yếu là loại đất phù sa.