Mùa giải 1900-1901 là mùa thứ chín của Newton Heath trong giải Liên đoàn bóng đá và mùa giải thứ bảy trong giải bóng đá hạng hai. Đội bóng kết thúc mùa giải với vị trí thứ mười, một khoảng cách rất xa so với nhóm tranh thăng hạng. Tại giải FA Cup, Đội bóng đã bị loại bởi Burnley sau trận đấu tái diễn lại ngay vòng đầu tiên, khi đánh bại Portsmouth ở vòng trung gian.Câu lạc bộ cũng tham gia tại giải Lancashire Senior Cup và Manchester Senior Cup trong mùa giải 1900–01. Mặc dù Đội bóng đã bị loại bởi Manchester City ở vòng thứ hai của Lancashire Cup nhưng Đội bóng đi đến trận đấu cuối cùng ở giải Manchester Senior Cup lần đầu tiên kể từ năm 1893, trước khi bị đánh bại cũng chính là đối thủ Manchester City.