Mùa giải 1899–1900 là mùa thứ tám của Newton Heath trong giải Liên đoàn bóng đá và mùa giải thứ sáu trong giải bóng đá hạng hai. Đội bóng kết thúc mùa giải với vị trí thứ tư, với kết quả đó không đủ giúp Đội bóng dự trận đấu loại để có cơ hội trở lại giải hạng Nhất. Tại giải FA Cup, Đội bóng đã bị loại tại vòng sơ loại đầu tiên bởi South Shore.Câu lạc bộ cũng tham gia tại giải Lancashire Senior Cup và Manchester Senior Cup trong mùa giải 1899-1900. Câu lạc bộ nói lời tạm biệt với vòng thứ ba của Manchester Senior Cup, khi thua 5-0 bởi Bury. Tương tự ở giải Lancashire Cup, khi Đội bóng đánh bại Bolton Wanderers với tỷ số 3-2 ở vòng đầu tiên trước khi để thua 1-0 trước Southport Central ở vòng thứ hai.