Mùa giải 1898-1899 là mùa thứ bảy của Newton Heath trong giải Liên đoàn bóng đá và đứng thứ năm trong giải bóng đá hạng hai.[1] Đội bóng hoàn thành vị trí thứ tư trong giải đấu, với kết quả đó không đủ giúp Đội bóng dự trận đấu loại để có cơ hội trở lại giải hạng Nhất. Tại giải FA Cup, Đội bóng gặp lại Tottenham Hotspur tại sân nhà Bank Street sau trận hòa 1-1 tại sân Northumberland Park, trước khi thua 5-3 trong trận đá lại.Câu lạc bộ cũng tham gia giải Lancashire Senior Cup và Manchester Senior Cup trong mùa giải 1898-1899, Câu lạc bộ nói lời tạm biệt với vòng thứ ba của Manchester Senior Cup, khi thua 4-1 trước Bury. Tương tự ở giải Lancashire Cup, khi Đội bóng đánh bại Darwen với tỷ số 5-0 ở vòng đầu tiên trước khi để thua với tỷ số 6-1 bởi Blackburn Rovers ở vòng thứ hai.