Loài chỉ thị (indicator species) là thuật ngữ chỉ về bất kỳ loài sinh học nào mà sự hiện diện của chúng tại một khu vực, một thời điểm có thể chỉ ra tình trạng của hệ sinh thái và điều kiện môi trường nơi chúng tồn tại. Loài chỉ thị có thể xác định một đặc điểm hoặc đặc trưng của môi trường, ví dụ, một loài có thể mô tả một vùng sinh thái hoặc chỉ ra một điều kiện môi trường như bệnh dịch bùng phát, ô nhiễm, sự cạnh tranh giữa các loài hoặc thay đổi khí hậu.