Khởi nghĩa Tôn Ân (chữ Hán: 孙恩起义, Hán Việt: Tôn Ân khởi nghĩa) là cuộc nổi dậy của nhân dân Chiết Đông dưới sự lãnh đạo của đạo sĩ Thiên Sư đạo là Tôn Ân, chống lại chính quyền Đông Tấn trong lịch sử Trung Quốc. Cuộc khởi nghĩa diễn ra từ tháng 10 năm Long An thứ 3 (399) đến tháng 3 năm Nguyên Hưng đầu tiên (402).