Hệ động vật ở Madagascar là tập hợp các quần thể động vật hợp thành hệ động vật ở nơi đây. Hệ động vật ở đây là một phần của đời sống hoang dã của Madagascar. Đây là một hệ động vật độc đáo với nhiều quần thể các loài động vật đặc hữu chẳng nơi nào có được, nhất là các loài trong nhóm vượn cáo.