Hệ thống xác định giới tính (tiếng Anhː Sex-determination system), hay còn gọi là cơ chế xác định giới tính, là tập hợp các cấu trúc, nhân tố và cơ chế sinh học quyết định sự hình thành và phát triển giới tính (đực hay cái) của cá thể sinh vật.[1][2][3]Hầu hết các loài sinh vật sinh sản hữu tính có hai giới tính khác biệt là đực và cái. Nếu các cấu trúc, cơ chế sinh học và nhân tố nào khác tham gia hình thành nên tính đực hoặc tính cái của một cơ thể sinh vật, thì hợp lại thành hệ thống xác định giới tính của cơ thể đó.Nói chung, có nhiều kiểu hệ thống xác định giới tính:Xác định giới tính do môi trường hoặc do hormone thường là cơ chế thứ cấp (secondary sex determination).[1]Cơ chế nhiễm sắc thể xác định giới tính đầu tiên được nhà nữ di truyền học người Mỹ Nettie Maria Stevens phát hiện ở sâu bột vào năm 1903.[6][7][8] Đây là cơ chế di truyền. Về sau, các nhà nghiên cứu nhận thấy quá trình xác định giới tính ở các loài và trong sự phát triển cá thể là rất phức tạp.[3]