Đạo Cao Đài được tổ chức dựa trên nguyên tắc tam quyền phân lập cho ba cơ quan:Theo lý thuyết, ba cơ quan này hoạt động hỗ tương để tạo ra sức mạnh toàn thể. Tuy nhiên, trên thực tế, chỉ có Cửu Trùng Đài và Hiệp Thiên Đài là có những hoạt động thế tục, do đó tất cả các chức sắc đạo đều làm việc trong hai cơ quan này. Bát Quái Đài là nơi để tôn thờ Thượng đế, nên cơ quan này có tính nghi lễ tôn giáo nhiều hơn là hành chánh.Hiệp Thiên Đài là Đài bán hữu hình, do Hộ pháp chưởng quản. Hiệp Thiên Đài có 2 nhiệm vụ: nhiệm vụ Thiêng liêng nơi làm trung gian hội hiệp giữa con người (hữu hình) với Đức Chí Tôn hay Thần, Thánh, Tiên, Phật (vô hình) qua cơ bút, và nhiệm vụ Phàm trần là giữ nhiệm vụ lập pháp và tư pháp trong tôn giáo Cao Đài.