Giải vô địch bóng đá U-16 Đông Nam Á năm 2016 (tiếng Anh: 2016 AFF U-16 Championship) là mùa giải thứ 11 của Giải vô địch bóng đá U-16 Đông Nam Á, giải vô địch bóng đá trẻ quốc tế hàng năm do Liên đoàn bóng đá Đông Nam Á tổ chức cho các cầu thủ nam dưới 16 tuổi đội tuyển quốc gia ở khu vực Đông Nam Á. Campuchia, đã được lựa chọn là nước chủ nhà và lần thứ ba kể từ Giải vô địch bóng đá U-17 Đông Nam Á 2007 và Giải vô địch bóng đá U-16 Đông Nam Á 2015Có tổng cộng 11 đội tham dự thi đấu, Hiệp hội bóng đá Indonesia đã bị cơ quan quản lý bóng đá thế giới FIFA đình chỉ vì sự can thiệp của chính phủ vào giải đấu quốc gia của quốc gia Đông Nam Á vào ngày 30 tháng 5 năm 2015 nhưng điều này đã được bãi bỏ vào ngày 13 tháng 5 năm 2016.  Tuy nhiên, Indonesia đã rút khỏi giải đấu. Các cầu thủ sinh vào hoặc sau ngày 1 tháng 1 năm 2000 đủ điều kiện tham gia giải đấu. Mỗi đội có thể đăng ký tối đa 23 cầu thủ (tối thiểu ba trong số đó phải là thủ môn).