Chim cánh cụt Rockhopper là một trong ba loài chim cánh cụt có quan hệ gần gũi với nhau trong chi Eudyptes mà từ trước tới nay được coi như là một loài.Không phải tất cả các chuyên gia đều đồng ý về việc phân loại chim cánh cụt này. Một số người coi cả ba là các loài riêng biệt; một số người khác lại phân thành chim cánh cụt Rockhopper miền Đông, Tây và Nam; trong khi các chuyên gia khác thì coi cả ba giống là một loài.