"Phi đế phi bá, quyền khuynh thiên hạ"

Nắm quyền trong triều đình Nam triều nhà Lê, trước hết Trịnh Kiểm lo đối phó với các con của Nguyễn Kim để củng cố quyền lực. Ông sai thuộc hạ xông vào nhà giết con cả của Kim là Nguyễn Uông. Người con thứ là Nguyễn Hoàng sợ hãi xin xuống trấn giữ vùng Thuận Hóa - Quảng Nam ở phía Nam. Trịnh Kiểm cho rằng giết cả hai anh em Hoàng sẽ mang tiếng, mà Thuận - Quảng là nơi xa xôi, "ô châu ác địa" nên bằng lòng cho Hoàng vào đó để mượn tay nhà Mạc giết Hoàng. Từ đó Trịnh Kiểm nắm toàn bộ quyền hành của nhà Lê, xây dựng sự nghiệp cho họ Trịnh.

Năm 1556, vua Lê Trung Tông mất sớm không có con nối, Trịnh Kiểm định giành ngôi nhà Lê, nhưng còn do dự sợ dư luận, bèn sai người tìm đến Trạng Trình Nguyễn Bỉnh Khiêm bấy giờ đang ẩn dật. Nghe theo lời khuyên của Trạng Trình ("giữ chùa thờ Phật thì ăn oản"), Trịnh Kiểm bèn đi tìm được người trong tôn thất nhà Lê là Lê Duy Bang, cháu 6 đời của Lê Trừ (anh Lê Thái Tổ), lập làm vua, tức là Lê Anh Tông. Từ đó họ Trịnh nối đời cầm quyền nhưng danh nghĩa vẫn tôn phò, làm bề tôi cho nhà Lê, hai họ sống chung trong cơ chế lưỡng đầu phụ thuộc nhau: nhà Lê cần có họ Trịnh để bảo vệ và chống Mạc, còn họ Trịnh cần có nhà Lê để việc nắm quyền được danh chính ngôn thuận. Bởi vậy người đời truyền lại câu: "Lê tồn Trịnh tại, Lê bại Trịnh vong."

Năm 1570, Trịnh Kiểm mất, hai con là Trịnh Cối và Trịnh Tùng tranh quyền. Hai anh em dàn quân đánh nhau. Cùng lúc đó quân Mạc từ bắc kéo vào. Trịnh Cối bị kẹp giữa hai đường không thể cự nổi bèn đầu hàng nhà Mạc, được nhà Mạc thu nhận và phong chức.

Vua Lê Anh Tông ủng hộ ngôi con trưởng của Trịnh Cối, cùng mưu với Lê Cập Đệ định giết Trịnh Tùng việc bị lộ. Vua Anh Tông mang 4 người con lánh đi nơi khác. Trịnh Tùng lập người con út của vua là Đàm lên ngôi, tức là Lê Thế Tông. Sau đó, Trịnh Tùng lùng bắt được cha con vua Anh Tông mang về lập mưu giám sát, rồi bức chết. Từ đó vua Lê hoàn toàn nép trong cung, Trịnh Tùng tự mình xử trí mọi việc trong triều. Các vua Lê sau có ý định chống lại đều bị bức tử và thay thế bằng một hoàng đế nhỏ tuổi hoặc dễ bảo hơn.

Khôi phục Thăng Long

Từ khi Trịnh Kiểm nắm quyền, họ Trịnh cai quản vùng phía nam của Đại Việt (trên danh nghĩa vẫn là chiến đấu dưới quyền vua Lê) và chiến đấu với nhà Mạc ở phía bắc. Bấy giờ nhà Lê chiếm lại được Thanh Hóa và Nghệ An. Nhờ có khẩu hiệu "Phù Lê diệt Mạc" (giúp Lê diệt Mạc), thanh thế họ Trịnh ngày một lớn. Ở vùng Tây bắc, anh em Vũ Văn Mật, Vũ Văn Uyên (Chúa Bầu) cát cứ tại Tuyên Quang sai người đến xin quy phục. Sau đó năm 1550, thái tể nhà Mạc là Lê Bá Ly là cựu thần nhà Lê sơ cùng thông gia là Nguyễn Thiến mang gia quyến về hàng.

Trong suốt những năm 1545 – 1580 là giai đoạn hai bên giằng co. Được tăng sức mạnh, họ Trịnh liên tiếp tấn công ra bắc đánh Sơn Nam, Ninh Bình, Sơn Tây, Thăng Long. Nhà Mạc lúc đó dưới sự chèo lái của Khiêm Vương Mạc Kính Điển đã đứng vững. Mạc Kính Điển nhiều lần phải mang vua Mạc qua sông tránh sang Kim Thành (Hải Dương) nhưng quân Lê – Trịnh vẫn không vào được Thăng Long. Ngược lại, sau những đợt tấn công ra bắc, quân Trịnh cũng phải đối phó với những đợt tiến công vào Thanh Hóa - Nghệ An của Mạc Kính Điển. Hai bên khi được khi thua. Cuộc chiến giằng co nổi lên tên tuổi các tướng Hoàng Đình Ái, Nguyễn Hữu Liêu bên Lê-Trịnh, Nguyễn Quyện bên Mạc.

Sau khi trấn thủ Thuận Hoá (năm 1558), năm 1570, Nguyễn Hoàng lại xin trấn thủ Quảng Nam. Chúa Trịnh mải lo chiến trường phía bắc nên chấp thuận. Năm 1572, Hoàng dùng kế giết được tướng Mạc là Mạc Lập Bạo vào đánh. Nhà Mạc mất hẳn phía nam và chỉ còn kiểm soát Bắc Bộ.

Sau khi Mạc Kính Điển chết (1580), nhà Mạc bắt đầu suy yếu. Vua Mạc là Mậu Hợp ít lo chính sự, phụ chính Mạc Đôn Nhượng không đủ năng lực. Quân Lê-Trịnh bắt đầu chiếm ưu thế. Năm 1591, Trịnh Tùng đem quân bắc tiến áp sát thành Thăng Long. Đầu năm 1592, Mạc Mậu Hợp chạy sang Gia Lâm, thống suất thủy quân để làm thanh thế trên sông Nhị Hà cho các tướng giữ kinh thành Thăng Long. Trịnh Tùng thúc quân tổng tiến công. Các tướng Mạc Ngọc Liễn, Bùi Văn Khuê, Trần Bách Niên tan vỡ bỏ chạy. Phục binh của Nguyễn Quyện ở cầu Dền không kịp nổi dậy đã bị giết. Nguyễn Quyện bị bắt rồi bị giết, hai con tử trận. Quân Mạc chết rất nhiều.

Trịnh Tùng rút quân chủ lực về. Mạc Mậu Hợp thu tàn quân án ngữ sông Nhị Hà, lại ham sắc đẹp của vợ tướng Bùi Văn Khuê là Nguyễn Thị Niên nên muốn giết Khuê. Tháng 8 năm 1592, Bùi Văn Khuê biết chuyện bèn đem quân hàng Lê, hợp binh với Trịnh Tùng đại phá quân Mạc.

Tháng 11 năm 1592, Trịnh Tùng lại tiến đánh Thăng Long. Mạc Mậu Hợp thua chạy về Kim Thành (Hải Dương). Thấy thế nguy cấp, Mậu Hợp lập con là Toàn lên ngôi, tự mình làm tướng thống suất quân đội. Sau các cuộc chiến ác liệt tại khu vực các phủ Nam Sách, Hạ Hồng, Kinh Môn trong tháng 11 và 12 thì quân Mạc thua to. Mạc Mậu Hợp phải bỏ trốn đến huyện Phượng Nhãn, bị bắt sống sau đó ít ngày và bị hành hình.

Sau vài cuộc chiến khác chống lại các thế lực tàn dư nhà Mạc, Trịnh Tùng rước vua Lê Thế Tông trở lại Thăng Long năm 1593. Họ Trịnh đánh dấu quyền lực bằng cách tiến hành xây Phủ chúa Trịnh ở Thăng Long.

Dẹp tàn dư họ Mạc

Dù Mạc Mậu Hợp và sau đó là Mạc Toàn bị bắt và bị giết thì thế lực của nhà Mạc chưa bị tiêu diệt hết. Các vùng như Thái Nguyên, Lạng Sơn, Cao Bằng vẫn thuộc quyền quản lý của nhiều người như Mạc Kính Chỉ, Mạc Kính Cung cho tới năm 1623. Nhà Minh, vì muốn duy trì thế Nam Bắc triều ở Đại Việt có lợi cho họ nên can thiệp để họ Mạc được cát cứ ở Cao Bằng. Vì vậy cháu Mạc Kính Điển là Kính Khoan và con Khoan là Kính Vũ vẫn cát cứ ở Cao Bằng, dù về cơ bản, họ Trịnh đã làm chủ Bắc Bộ và Bắc Trung bộ.

Khi nhà Minh sụp đổ (1644), các vua Nam Minh - tàn dư nhà Minh - vẫn ủng hộ họ Mạc. Họ Mạc nối nhau cát cứ ở đây trong nhiều năm. Mãi đến khi nhà Minh mất hẳn (1662) về tay nhà Thanh, họ Trịnh mới ra tay dẹp họ Mạc. Tới năm 1677, chúa Trịnh Tạc sai tướng Đinh Văn Tả đi đánh, việc trấn giữ Cao Bằng của họ Mạc mới chấm dứt. Tàn dư họ Mạc phải chạy sang Trung Quốc.