Carl Linnaeus sinh tại một ngôi làng nhỏ tên là Råshult, Småland ở miền nam Thụy Điển. Cha của ông, Nils Linnaeus là một mục sư. Chính cha ông đã truyền lại cho ông tình yêu cây cỏ.

Truyền thuyết kể rằng cậu bé Carl đã có tình yêu với cây và hoa ngay từ trong bụng mẹ, vì mẹ của ông khi mang thai vẫn thường ngắm những bông hoa kỳ lạ và tuyệt vời trong vườn hoa của chồng. Carl đã viết về bản thân mình lúc được sinh ra một cách đầy chất thơ: "Chỉ khi mùa xuân vào tiết thời đáng yêu nhất của nó và khi tiếng gà gáy báo hiệu mùa hè sắp đến" – đó chính là tháng Năm. Đời xưa kể lại, chiếc nôi của Carl được kết bằng những bông hoa tuyệt đẹp với hương thơm ngào ngạt.

Khi là học sinh tiểu học, Carl được đánh giá là một học sinh giỏi về thực vật học và thầy của Carl khi đó đã khuyên cha mẹ cậu nên cho cậu theo học nghề bác sĩ, thay vì trở thành một tu sĩ như họ dự định (khi đó thực vật học vẫn là một phần của khoa y).

Sau đó, Carl theo học ở trường y tại Lund, miền nam Thụy Điển. Học xong một năm, Carl chuyển tới một trường đại học danh tiếng và cổ kính nhất của Thụy Điển tại Uppsala.

Sự tự tin vô hạn cộng với tham vọng hiểu và phân loại mọi vật trong trạng thái toàn vẹn của nó – không chỉ trên Trái Đất mà cả vũ trụ - là hai động lực chính làm nên toàn bộ cuộc đời và sự nghiệp của Carl. Chính vì tham vọng này, ông còn được gọi là "Hoàng tử của giới thực vật học". Thế giới gọi ông là "Pliny của Phương Bắc" (Pliny là nhà sử học khoa học tự nhiên vĩ đại nhất của thời kỳ cổ đại), "Adam thứ hai" và còn nhiều tên khác