AFC Champions League 2006 là phiên bản thứ 25 của giải bóng đá câu lạc bộ cấp cao nhất châu Á và là phiên bản thứ 4 dưới tên gọi AFC Champions League. Vào ngày 8 tháng 11 năm 2006, Jeonbuk Hyundai Motors giành được danh hiệu đầu tiên của họ sau khi vượt qua Al-Karamah với tổng tỉ số 3-2. Jeonbuk cũng trở thành câu lạc bộ đầu trong lịch sử châu Á vô địch Champions League trước khi vô địch giải quốc nội (vô địch K-League lần đầu tiên vào ba năm sau, tại K-League 2009).Al-Ittihad là đương kim vô địch hai năm liên tiếp, nhưng đã bị loại bởi Al-Karamah ở tứ kết.